民國十年四月十日設立，初名北港公學校，首任校長是日本人賴芬彪氏，後又歷經莫根良寬氏、仲層根勇氏等二位日本籍校長。

民國三十四年十一月十七日派何東源先生為光復後首任校長。

民國四十一年八月設立八連分班，借集會所上課。

民國四十二年十一月二十五日何校長調掌南港國小，派蘇江標先生接任。

民國四十六年八月設立烘內分班。

民國五十四年五月六日蘇校長奉令退休，派張沛然先生接任。

民國五十七年八月實施九年國教，奉令改稱北港國民小學。

民國五十八年九月十日張校長調掌三重市興榖國小由董敬明先生接任。

民國七十一年董校長退休由陳長坤先生接任。

民國七十九年二月一日陳校長退休由教務處主任鄭明哲先生代理。

民國七十九年八月二十九日派蘇康韻先生為光復後第六任校長。

民國八十一年八月一日派楊進成先生為第七任校長。

民國八十六年八月一日派劉春田先生為第八任校長。

民國九十一年八月一日派吳玉芳女士為第九任校長。

民國九十五年八月一日派王素涼女士為第十任校長。

民國九十九年八月一日派曾長麗女士為第十一任校長。

民國一○三年八月一日派劉國華先生為第十二任校長。

民國一○七年八月一日派劉國華先生連任為第十三任校長。

民國一一一年八月一日派林素滿女士為第十四任校長迄今。